千芝堂開設于明代末年，據(jù)出版于清乾隆十年（1744年）的老店經(jīng)營目錄記述，當時經(jīng)營成藥十五個門類、六二四種，并有飲片加工、炮制及批發(fā)業(yè)務。

光緒七年，吳靄亭將千芝堂盤了過來。吳曾供職太醫(yī)院，所以一部分產(chǎn)品銷往御藥房，一部分銷往市內大小藥房，同時還銷往華北、東北及京包鐵路沿線。吳靄亭請王子豐擔任掌柜，王子豐精明能干，買賣做得很有起色。1900年庚子事變時，王子豐低價收購有錢人手里的貴重藥材，戰(zhàn)亂后物價回穩(wěn)，千芝堂賺了大錢。后來王子豐與吳靄亭產(chǎn)生矛盾，王子豐出走，籌資在崇文門外開辦慶仁堂參茸莊。

千芝堂自王子豐走后，請吳受臣打理，吳受臣也很善于經(jīng)營，1915年在珠市口南開辦了南山堂藥鋪，后在阜成門大街開辦琪卉堂藥鋪。

千芝堂主要品種有活絡丹、舒絡丹、三黃寶蠟丸、虎骨酒、虎骨膏等。特色品種京制法半夏，通過安國藥市行銷全國。

清末民國以來，千芝堂經(jīng)營范圍除門市外還設有后柜批發(fā)和蒙藏藥品專柜，并培養(yǎng)蒙藏語人員以便接待顧客。由于千芝堂的中藥成本低、價格廉、療效好，很受患者歡迎。隨后吳振聲相繼開設一些分號，使千芝堂逐步發(fā)展成為二十余家的聯(lián)營店堂。

解放后，由于國家對千芝堂老字號的重視和扶持，使千芝堂藥店生意日見紅火，特別是保持了飲片為主的經(jīng)營特色。在計劃經(jīng)濟時期，藥品和其它商品一樣，經(jīng)常發(fā)生短缺某一種成藥（或飲片）的情況，而千芝堂以飲片齊全聞名北京城，抓草藥到千芝堂已成為北京人的共識。

八十年代千芝堂藥店成為市藥材公司供應中央1和使館外賓特供商品的專供點。經(jīng)營范圍和品種都有所增加，逐步發(fā)展成為擁有中成藥、中藥飲片、來料加工等服務項目的大藥店。到1990年，千芝堂經(jīng)營品種達到兩千多種。

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